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samedi 25 mars 2017

EAU ET BIOLOGIE (8) : Le rôle des interfaces aqueuses dans la cellule



«The role of aqueous interfaces in the cell»

Gerald H. Pollack, Advances in Colloid and Interface Science (2003)

La cellule est riche en surfaces de biopolymères. Cependant, le rôle de ces surfaces et des interfaces «surface-eau» qui en découlent n'a guère été pris en compte par les biologistes, qui pour la plupart, considèrent l'eau comme un support neutre. Cette synthèse vise à combler le fossé entre la biologie et la science de l'interface - pour montrer qu'une approche interfaciale a le pouvoir d'apporter de nouvelles idées dans un domaine labyrinthique, complexe et impénétrable autrement. 

Dans cette approche, la cellule est conçue comme un gel de polymères. Si le contenu cellulaire s’apparente à un gel, alors une approche logique de la compréhension du fonctionnement  cellulaire passe par une étude de la fonction d’un gel. De grands progrès ont été réalisés récemment dans la compréhension des principes de la dynamique des gels polymériques, et en particulier le rôle de l'interface polymère-eau. 

Il est devenu évident que cette interface  et les propriétés similaires à un gel de la construction polymère-eau se situent au cœur de la biologie cellulaire. Toutes les transitions de phase des polymères de gel de polymère impliquent non seulement les protéines (polymères), mais aussi l'eau interfaciale; En effet, les changements dans la structure de l’eau sont intimement dans les processus de déclenchement de transitions de phase. Celles-ci sont capables d’effectuer un travail qui pourrait être responsable d'une grande partie du travail de la cellule. 

Ici, nous poursuivons cette approche. Nous avons mis au point un modèle à base de gel polymère pour étudier le comportement cellulaire et comprendre dans quelle mesure cette modélisation explique la manière dont la cellule accomplit ses tâches quotidiennes.

Contents
1. Introduction
2. Problems with the aqueous-solution-based paradigm
3. Cells as gels
4. Cell dynamics
5. Gels and motion
5.1. Secretion
5.2. Muscle contraction
6. Conclusion
Acknowledgements 





EAU ET BIOLOGIE (9) : eau et structuration des molécules biologiques

vendredi 30 septembre 2016

EAU ET BIOLOGIE (7) : Le cytoplasme cellulaire, un réseau structuré de protéines et d'eau



Dans un article de 2006, intitulé “The Cytomatrix as a Cooperative System of Macromolecular and Water Networks”, “le biophysicien, V. A. Shepherd, construit la trame conceptuelle relative à la nature de la matrice intracellulaire, pensée comme un réseau très structuré de protéines et d’eau.

Un modèle d’une grande actualité, 10 ans après…



Plan de la publication :


I. Introduction
A. Is Life Inseparable from Water?
II. The Organized Cytoplasmic Protein Network
A. Historical Development
B. Spatial Organization of the Cytoplasmic Network
C. Origin of the Cytoplasmic Network
D. Fractal Nature of the Cytoplasmic Network
E. Organized Metabolism and the Cytoplasmic Network
F. Organized Metabolism in Chloroplasts, Mitochondria, and Procaryotes
G. Organized Metabolism as a SmallWorld Network
III. The Cytoplasmic Water Network
A. Liquid Water as an Interconnected HBonded Network
B. Structurally Conserved Water
C. Theories of Cooperative WaterIonProtein Systems
IV. Conclusions
References



Résumé de la publication :

L'eau a été qualifiée par Szent-Gyorgi de «substance, matrice, mère et médium de la vie. '' Ce chapitre examine les deux aspects de son assertion. Beaucoup d’astrobiologistes font valoir qu’une partie, sinon la totalité, de l'eau de la Terre provient de bombardements cométaires.

La glace de type amorphe des comètes pourrait avoir facilitée l’organisation des complexes de molécules organiques, en servant d’amorce à l’évolution prébiotique. Selon la théorie Gaïa, la Terre conserve son eau afin de permettre l’activité biologique. La cytomatrice cellulaire (ou bactérienne) est une trame matricielle de protéines incluant le cytosquelette, un réseau superstructurel omniprésent et holistique qui intègre les voies métaboliques. Les enzymes des voies métaboliques sont structurés en agrégats supramoléculaires (métabolons) associés au cytosquelette et/ou aux membranes. Les intermédiaires métaboliques sont organisés en microcanaux par les métabolons sans être dans une phase aqueuse «ordinaire» (bulk water). Plutôt que d'être libres en solution, même les ions essentiels de signalisation sont probablement regroupés en association avec la cytomatrice. Les chloroplastes et les mitochondries, comme les bactéries et les archées, contiennent également un réseau lié au cytosquelette, des métabolons et des métabolites canalisés.

Le métabolisme des eucaryotes est mathématiquement un réseau sans échelle ou un micro réseau. Les agrégats enzymatiques d'origine bactérienne sont incorporés d’une manière similaire à l’architecture archéenne (archées). La cellule eucaryotique peut résulter d’une série d’endosymbioses, une chimère. Le cytoplasme des cellules est composé d'environ 80% d'eau.


L'eau est sans conteste un élément structurel conservé de protéines, essentiel pour leur repliement, leur spécificité, les liaisons de ligands, et la catalyse enzymatique. La vaste littérature de l'eau cellulaire organisée a considéré depuis longtemps que la cytomatrice et l'eau cellulaire constituent un système, un continuum, ou une gestalt. Des alternatives existent aux explications traditionnelles de potentiels électriques cellulaires, de canaux ioniques, des enzymes et de la fonction motrice des protéines, en termes de coopération d'ordre élevé de systèmes d'ions, d'eau et de macromolécules. Ce chapitre décrit quelques-uns des concepts importants de l’organisation de l'eau cellulaire, incluant l'eau vicinale, la théorie des réseaux, l’hypothèse de la théorie de l’association-induction, la théorie des ondes de clusters, les théories de transition phase gel, et les théories du polymorphisme de l'eau à faible et à haute densité.


vendredi 26 août 2016

EAU ET BIOLOGIE (6) : L'eau, organisatrice de la vie au niveau macromoléculaire



Un résumé (années 90) des rôles de l'eau dans la cellule par Pascale Mentré, l'auteure du livre de référence " L'eau dans la cellule", édition Masson, 1995

* * * 

L'eau, organisatrice de la vie au niveau macromoléculaire
Pascale Mentré
INRA 806, institut de Biologie physico-chimique, 13 rue Pierre et Marie Curie, 75005 Paris
Tél : 33.(0)1.58.41.51.78 — Fax : 33.(0)1.58.41.50.27 — E-mail : mentre@ibpc.fr

Bien que l'eau représente plus de 70% de la masse des cellules, il y a tout au plus deux couches de molécules d'eau autour de chaque macromolécule — soit une épaisseur de 0,6 nm — ce qui laisse peu de place entre les macromolécules (dont le diamètre moyen est de plusieurs nanomètres). Au contact des macromolécules, les molécules d'eau s'organisent de façon différente de l'eau ordinaire. Elles forment une eau dite structurée ou interfaciale (Eau-I). Elles sont attirées par les domaines ionisés qui les orientent le long de leurs lignes de force. Elles se lient par des liaisons hydrogène (liaisons H) aux domaines polaires. Elles interagissent peu avec les domaines apolaires ; mais ceux-ci constituant une rupture d'équilibre au sein de la phase aqueuse, elles sont contraintes de se réagencer, le plus souvent en "clathrates". L'effet des macromolécules s'exerce au-delà des molécules d'eau située à leur contact immédiat, au moins jusqu'à une distance de 10 Å, structurant l'eau sous des formes plus ou moins anisotropes.

Globalement, la totalité de l'eau de la cellule est de type interfacial.  C'est une eau très polymorphe, image directe de la variété des domaines qu'elle recouvre.

• Assemblages moléculaires. L'Eau-I joue un rôle important dans l'assemblage et le désassemblage réversible des macromolécules, soit en réunissant des domaines polaires par des liaisons H, soit en s'insinuant entre des domaines hydrophobes.

• Activité enzymatique. Les alignements de molécules d'eau reliées par des liaisons H rectilignes (structure ice-like) sont de bons conducteurs de protons. Cette conduction apparaît déterminante dans nombre de processus, à commencer par l'activité des enzymes.

• Régulation. La coopérativité des liaisons hydrogène, importante surtout dans l'eau ice-like, se traduit dans le profil sigmoïde de nombreux phénomènes comme l'allostérie ou la dénaturation des protéines. Il semble ainsi que les macromolécules exploitent cette coopérativité pour réaliser des états "tout ou rien" bien distincts, permettant ainsi une régulation fine de nombreux processus.
Les macromolécules exploiteraient également l'effet régulateur de la compensation enthalpie-entropie caractéristique des variations d'hydratation. 

• Reconnaissance moléculaire. L'Eau-I qui hydrate les domaines de reconnaissance récepteur-ligand, enzyme-substrat, ADN-facteur de transcription, antigène-anticorps, etc., permet d'éviter des assemblages erronés.

• Moteurs moléculaires. La densité de l'Eau-I peut varier de 0,96 (au contact de domaines polaires) à 1,2 (au contact de domaines chargés). Les changements de la configuration macromoléculaire peuvent ainsi s’accompagner de changements de volume, donc d'effets mécaniques.

• Exclusion sélective des ions. L'anisotropie de l'Eau-I limite fortement la liberté de mouvement des solutés, donc leur diffusion. Elle exclut les ions en fonction de leur place dans la série d'Hofmeister. Ceci est un argument avancé contre la théorie classique de la pompe à sodium pour expliquer que les cellules n'ont pas besoin d'un mécanisme particulier pour expulser le sodium.